Notre commune s'étend sur environ 13 kilomètres carrés de la lisière de la forêt de Retz au nord, à la rivière Automne au sud. Entre les deux on trouve successivement :
- une vallée où coule le ru de Bonneuil qui prend sa source aux abords de la commune d'Éméville et qui rejoint l'Automne à Pondron. La partie principale du village s'étire le long de cette vallée et regroupe d'anciens lieux-dits qui dans le passé étaient séparés : Richebourg, la Rethière, la Sausserotte, la rue des Caves (maintenant la rue de Crépy) les Aboulois...
- une grande plaine qui est consacrée à la culture des céréales et de la betterave et qui domine, au sud, la vallée de l'Automne où se trouve la deuxième zone d'habitation de la commune avec principalement le hameau du Berval.
La commune est donc caractérisée par des paysages très variés : forêts et cultures, vallées et plaines, qui lui donnent un charme certain mais qui conduisent à un morcellement de l'habitat.
Les 950 habitants permanents et les trente résidences secondaires se répartissent entre Bonneuil Centre, quatre hameaux (le Berval, le Voisin, La Croix Sainte Barbe et les Buts) et plusieurs lieux dits (la Grange au Mont, le Lonval, le Lieu Restauré...).
Deux voies départementales traversent la commune d'est en ouest, l'une le CD 32 suit la vallée de l'Automne de Pondron (commune de Fresnoy-la-Rivière) au Berval en direction de Villers-Cotterêts et l'autre le CD 50 part de Pondron et remonte le ru de Bonneuil en passant par le Voisin, Bonneuil Centre, Émeville et Villers-Cotterêts.
Par ailleurs vingt kilomètres de voirie communale, routes goudronnées et chemins de terre, desservent les hameaux et les zones de culture et permettent de nombreuses promenades à pied, à cheval ou en VTT...